مجمع کارآفرینان ایران, دارای ۹کارگروه تخصصی بوده که هرکدام به مهمترین مشکلات اعضای این مجمع میپردازند. این کارگروهها شامل امور بانکی، امور مالیاتی، امور گمرکی، ارتباطات و روابط عمومی، امور حقوقی و قضایی، دانشبنیان، سرمایهگذاری خارجی، صادراتی و منابع انسانی است و هر یک متشکل از تعدادی از مدیران مجموعههای عضو مجمع کارآفرینان در حوزه مربوطه است.
.